主要病害与预防
香菇栽培中最常见的病害是绿霉（木霉）污染，多发于发菌期和出菇期。绿霉一旦出现会迅速蔓延、与香菇菌丝争夺养分，甚至分泌毒素抑制香菇生长。预防的关键在于源头：原料要新鲜无霉变、灭菌要彻底、接种要无菌操作、菇房要定期消毒。发现局部污染时，可挖除污染料并撒石灰隔离；污染严重的菌棒要及时移出菇房处理，防止传染。
此外，高温高湿季节易发生烂菇、褐斑病等，主要通过控制温湿度、加强通风来预防，发病后及时摘除病菇并消毒。
虫害防治
菇蚊、菇蝇是香菇栽培的主要害虫，成虫在菇房产卵，幼虫蛀食菌丝和菇体，造成断料和品质下降。物理防治是第一选择：菇房门窗安装防虫网，室内悬挂黄色粘虫板诱杀成虫，灯光诱杀也有一定效果。
栽培管理上，保持菇房清洁、及时清除废料和残菇、控制湿度过高，都能减少虫害发生。化学防治尽量不用或少用，确需用药时应选择食用菌专用低毒药剂，并严格遵循安全间隔期，保证产品安全。